在摄魂怪的处理上剧组也是费劲了心机，概念艺术家设计出了足够吓到小朋友的摄魂怪，但道具部门却一直没法做出理想的效果，最后他们选择和视觉特效部合作，把一块破布放在水里模拟出在摄魂怪在半空中飘动。
摄魂怪出现时的场景出了个小插曲，卡梅隆根据原着的描写要求摄魂怪出场的时候水要变成“冰”(ice)，但视觉特效部门听成了“眼睛”(eyes)。然后一堆技术宅一边感叹导演天马行空的创意，一边真的制作出了无数眼睛眨动的特效镜头，他们还用“紫妈的间隙”来称呼这个特效，只可惜最后没被采用，导演要的是一部魔法片，不是一部惊悚片……
在拍摄过程中，英国国家旅游局也找到了迪士尼。《魔法石》电影的全球影响力巨大，至今为英国增加了超过了100万人次的国外游客，旅游局希望接下来的系列电影中能够拍摄更多的英国景点。
于是卡梅隆大手一挥，把《阿兹卡班囚徒》里哈利骑着鹰头马身有翼兽在湖面掠过的场景搬到了英格兰最大湖泊温德米尔湖——反正全部花销是由国家旅游局买单。这里是英格兰最受欢迎的度假胜地之一，还有着“英国中部最美丽的风景”之称，剧组就当顺便是来度假了。
原本道具组也是想打造出一头机械鹰头马身有翼兽，他们几乎要成功了，只是最后因为模型的表情实在是太僵硬才不得不放弃改用视觉特效。罗修在拍摄时骑的其实只是一个马形状的绿色道具，鹰头马身有翼兽会在后期合成上去。他还尝试了各种动作，包括在飞行时张开双臂拥抱天空，卡梅隆觉得这个镜头很赞，也许今后能用得上……
拍摄工作在4月份遇到了麻烦。
海格小屋远景的取景地是这次拍摄的主要外景地之一，包括魔法部处决鹰头马身有翼兽在内的剧情都在这里发生，哥伦布带着助手跑了大半个英国，才在苏格兰西部的格伦科峡谷找到了一个风景绝佳的地方来进行拍摄。
置景部门、布景部门通力合作，用了三个月时间提前布置好了外景场地，但在4月中旬却发现建起的海格小屋被人为破坏了。虽然最后警方抓住了破坏者，并查明只是两个在附近野营的酒鬼酒后闹事的行为，但卡梅隆担心其中是否会有圣殿骑士团的阴谋，最终还是决定更换场地。
于是导演组开始疯狂地在全英国挑选备用场地，可惜那些都不能让卡梅隆满意，最后还是艾玛提出了一个办法，原着里写到这一段的时候她参考了里沃兹修道院所在的布拉克山脉，也许那边可以试试看。
哥伦布立刻带着摄影师去布拉克山脉寻找合适的外景地，他很快找到了一个山谷，位于山地林线上的大片草甸提供了绝佳的拍摄视野，完美满足原着中一系列情节发展的需要。于是美术部再次全体出动，仅用了大半个月的时间就在那里搭建好了绝大部分的场景，剩下的也保证能在最后拍摄前完成。
为了给美术部更多的时间，卡梅隆把原本准备放在后面的拍摄计划提前，譬如哈利和赫敏在医院病房里使用时间转换器的镜头。
罗修拿到的剧本里只写着“哈利看到赫敏把时间转换器转了三圈”，但如果会这样老老实实看着的就不是皮皮修了，他鬼使神差地伸出右手想触碰一下时间转换器，艾玛则下意识地抬手打掉了这只罪恶的爪子。
“啪”的一声脆响让现场的剧组人员有点傻眼，演员临场发挥不是一件罕见的事情，但敢公然殴打男主角的却很少。
所有人看向女主角的眼神变得敬畏，利维斯顿大姐头的赫赫威名在片场闪耀。
只有卡梅隆在监视器后面看得一阵暗爽，他也想揍这只皮皮修很久了……