为了保密，所有演员里能够拿到完整剧本的只有罗修和艾玛，他们同时还收到了韦尔斯利主教寄过来的《死亡圣器》原着。对比之后，两人都发现剧本与原着有不少的改变，主要是删减了许多非主线的剧情。这也是没办法的，不然整个故事实在没法在三个半小时里讲完。
在正式拍摄开始前，卡梅隆带着哥伦布同罗修和艾玛一起最后一次研究了剧本，旁听的还有死皮赖脸参加进来的女导演兼女骑士凯瑟琳。
随着哥伦布的娓娓讲述，魔法世界的最终画卷在众人面前徐徐铺开——
电影从死亡圣器的故事开始，这里用中国皮影戏的动画方式展现出三兄弟与死神之间的故事，然后过渡到赫敏手里的《诗翁彼豆故事集》，《三兄弟的传说》正是里面的一个故事。这是邓布利多留给她的遗产，留给哈利的则是一颗金色飞贼。
楼下传来母亲的招呼声音，赫敏用带着颤抖的声音最后一次回应了母亲的呼唤。当她走到楼下时，少女已经下定了决心，用遗忘咒抹去了父母的记忆，这是保护她家人的唯一办法。从今天开始，她将孤身出发，陪伴自己心爱的男孩一直战斗到底。
另一边，在萨里郡小惠金区女贞路4号，伴随哈利童年成长的房子里已经空无一物，弗农姨夫正把最后几件行李塞进车里，他要在死神来拜访之前带着家人逃离这个鬼地方。
哈利走下楼，看见站在空旷的房间中央的佩妮姨妈。哈利劝告她这里会很危险，佩妮姨妈这样回答他：
“你以为我不知道他们能干嘛吗？他们去戈德里克山谷的那晚，不只是你失去了你的母亲，我也失去了我的妹妹。”
仅仅是简单的一句话，让不再是以前那个莽夫的哈利重新审视自己佩妮姨妈。她在明知危险的情况下收留了自己，她不愿意让哈利去霍格沃茨并不完全是嫉妒自己的魔法天赋，更可能是担心自己踏入那个危险的世界，虽然佩妮姨妈一直对自己很刻薄，但也白白养育了自己这么多年，自己仅存的亲人真的就是彻头彻尾的坏人么？
带着这些疑问，哈利走到门外与德思礼一家做最后的告别。
弗农姨夫对哈利仍旧不屑一顾，就连达力对哈利没跟着一起走的疑问都懒得回答，哈利不得不强颜欢笑地自嘲自己就是个占用空间的。
但达力听到哈利的话后却走到哈利的面前，笨拙地同他握了握手，并说出了自己的心里话：“我不认为你浪费空间。”
在最后诀别的时刻，哈利终于体会到了来自亲人的一丝温暖。
也正是从这一刻起，最终的决战徐徐拉开了帷幕。
在一座富丽堂皇的宅院里，伏地魔正召集食死徒们开会。除了攻占魔法部和如何杀了哈利外，他还提到自己的魔杖无法杀死哈利，斯内普献上邓布利多的魔杖，伏地魔就用这把魔杖杀死了霍格沃茨魔法学校的麻瓜学研究教师凯瑞迪·布巴吉。
凤凰社的成员们也知道哈利被伏地魔盯上，为了保证哈利的安全，他们决定在哈利成年前离开女贞路4号。一共有6个人变成哈利的模样和哈利一起撤离这里，其中穆迪也变成了哈利，负责掩护穆迪的是小天狼星。
因为很多人都知道小天狼星就是哈利的教父，因此食死徒们会认为小天狼星那组里才是真正的哈利。穆迪和小天狼星这对最强组合希望能够用这个办法诱杀食死徒，并为真正的哈利创造足够的安全空间。
但这个计划最终失败了，虽然大部分食死徒都去追杀小天狼星那组，却被哈利放走的海德薇回来抱住自己主人的时候同时暴露了真正的哈利的位置。伏地魔亲自出手，保护哈利的海格已经昏迷，哈利在倒下前魔杖自动反击，终于逃出一劫。
回到小天狼星的祖宅，大家都平安无恙，只有蒙顿格斯临阵脱逃，乔治被斯内普砍掉了一只耳朵。
随后大家为比尔和芙蓉举行了婚礼，哈利还发现卢娜的父亲谢诺菲留斯·洛夫古德的脖子上挂着奇怪符号的吊坠。
凤凰社的成员到处对付食死徒的时候，哈利和赫敏继续留在小天狼的祖宅里。赫敏发现挂坠盒内的r.a.b就是小天狼星的弟弟雷古勒斯，艾玛找克利切询问情况，克利切为感谢艾玛平时的关心而说出了原委，并告诉她挂坠盒已经被蒙顿格斯偷走。
克利切还帮赫敏把蒙顿格斯抓了回来，才知道挂坠盒已经落入乌姆里奇的手中，但潜入魔法部的难度不亚于逼斯内普洗头。最后两人还是用复方汤剂假扮员工成功潜入并偷走了挂坠盒，但却被食死徒发现了行踪并展开了一场追逃。
哈利和赫敏在逃出魔法部的时候还发现罗恩也在食死徒的队伍里，他们担心小天狼星的祖宅作为安全屋已经不够安全，所有人不得不紧急撤离了这里，他们也开始四处流浪并寻找摧毁挂坠盒的办法。
在野外的一个晚上，哈利晚上听到了古灵阁职员的对话，得知斯内普把格兰芬多宝剑藏在古灵阁，而宝剑上面沾了蛇毒后得到强化，邓布利多用宝剑劈开了魂器戒指。但古林阁里的那把是假的，哈利知道自己需要找到那把真的宝剑来摧毁魂器。
在流浪的路上，哈利和赫敏又遇到了参与追捕他们的罗恩，三人打了一架，最后罗恩说出邓布利多的老邻居巴希达·巴沙特住在戈德里克山谷，并扔下一句“不再欠你们什么了”就消失了。
两人最后决定还是去戈德里克山谷碰碰运气，为了以防万一他们用复方汤剂改变自己的容貌，还用隐身斗篷遮掩住身形。
哈利先在墓地里祭拜了父母，他还看到格林德沃名字的墓碑，上面的标记同洛夫古德先生脖子上挂着的吊坠一模一样。最后他们偶遇了巴沙特夫人，但这其实是伏地魔的陷阱，巴沙特夫人是纳吉尼假扮的，两人侥幸逃脱，赶来的伏地魔虽然没能如愿杀死哈利，但他却意外发现格林德沃的照片。
哈利在晚上放哨时看到守护神牝鹿，拨开地上的雪花，发现了下面的“lzsb”四个字母——对不起，串行了，是藏在湖底的格兰芬多宝剑。
为了拿到宝剑，哈利凿开冰面跳进湖水里，但差点被察觉不对的挂坠盒勒死，后来还是赫敏救了他，少女还用宝剑摧毁了挂坠盒。
为了找到下一件魂器的线索，两人决定去找洛夫古德先生，因为他佩戴了格林德沃的标志。
在洛夫古德先生的家里，这位《唱唱反调》的主编告诉了两人老魔杖的巨大威力，和集齐三件死亡圣器能够成为死神的主人的传说，还警告他们说出伏地魔的名字会被伏地魔感应到——实际上他是在用这种方法在向伏地魔通风报信。
赫敏发现了其中的不对，要带着哈利离开，但被洛夫古德先生拦下，原来卢娜被抓走，他要用哈利去赎回女儿。
再一次成功逃脱后，哈利和赫敏对死亡圣器的威力意见不一。哈利认为需要这三样东西来对抗伏地魔，但赫敏认为这是无稽之谈，死神的主人只是一个传说。
在两人争执之际，恰巧有一队食死徒路过，两人用隐身斗篷躲起来，但赫敏的香水味被狼人芬里尔·格雷伯闻到，食死徒们设计用陷阱抓住了他们。赫敏只来得及在最后关头用咒语把哈利弄成了一个猪头，好让食死徒们无法辨认出来。
另一边，伏地魔来到关押格林德沃的监狱向他追问老魔杖的下落，后者否认自己拥有过老魔杖。伏地魔被激怒后杀死格林德沃，但此时他已经知道老魔杖在哪了，他拿出身上带着的邓布利多的那根魔杖仰天狂笑。
哈利和赫敏被带到马尔福庄园，贝拉认不出模样大变的哈利，就让马尔福辨认，马尔福装作不认识。但贝拉却认出了赫敏手里的格兰芬多宝剑，她把哈利关到地牢，自己亲自审问赫敏。
哈利在地牢遇到卢娜、奥利凡德和古灵阁的妖精拉环，听到赫敏的惨叫后焦急不已，这时一直放在他兜里的双面镜掉落，他赶紧向小天狼星求救。
这时候贝拉在逼问赫敏有没有在古林阁里拿走其他东西，赫敏谎称手里的格兰芬多宝剑是假的，贝拉决定让拉环来辨认。
哈利刚请求拉环说宝剑是赝品，这位古灵阁的前职员就被带走了。这时多比带着小天狼星出现，小天狼星让多比先带走卢娜和奥利凡德，自己冲上去救赫敏。在地牢里等多比回来的哈利遇到了来检查的虫尾巴，虫尾巴本来要掐死哈利，最后却因为下不了手反被伏地魔赐给他的银手掐死。
哈利听到上面的动静后忍不住冲了上去，小天狼星正和贝拉打在一团，旁边马尔福正看管着赫敏，哈利就和马尔福扭打在一起，用物理缴械咒夺走了马尔福的魔杖。
在更多的食死徒回来前，多比及时赶来，带着三人和拉环撤退，但在幻影移形发动时被贝拉扔出的匕首刺中牺牲。
哈利为这个勇敢的家养小精灵立下了墓碑，上面刻着“这里安葬着多比，一个自由的小精灵”。
回到凤凰社的临时基地后，赫敏猜测伏地魔将魂器和宝剑一起存在古灵阁贝拉的宝库中，所以贝拉才会在见到格兰芬多宝剑时这么紧张。她便与拉环谈判，要这只前古灵阁职员带自己去古林阁偷魂器，拉环提出要求用宝剑交换。
哈利则去找奥利凡德，这位制杖大师证实了伏地魔确实在找老魔杖，并说出了老魔杖被夺走后效忠对象就会改变的秘密，哈利猜到邓布利多是在打败了格林德沃后得到这根老魔杖。
赫敏服用复方汤剂变成贝拉，哈利背上拉环，用隐身衣跟着赫敏成功混入了地下金库。但三人在半路触发警报，经过一番搏斗，哈利终于得到了金杯，但是宝剑被拉环抢走。最后两人借助火龙的帮助逃出古灵阁。
伏地魔得知此事非常恐慌，分裂过太多次灵魂的他已经感受不到自己魂器的所在，因此他决定逐一检查魂器的安全，而其中最神秘的那个魂器就在霍格沃茨魔法学校的城堡里。
哈利读取到伏地魔的思想，同赫敏一起前往霍格莫德，准备通过密道潜入学校。但村子里戒备森严，两人差点被食死徒抓住，最后还是邓布利多的弟弟阿不福思救了他们。
在哈利的坚持下，阿不福思找来纳威将他们接到有求必应屋，许多学生也藏在那里。哈利向大家询问属于拉文克劳的物品，这是在伏地魔的思想里找到的一个关键词，卢娜提出可能是失踪多年的冠冕。
哈利和赫敏首先找到麦格教授，这位女教授得知经过后赶跑了斯内普。低年级学生被送出学校，为了给哈利争取时间，学校的教师和赶来的凤凰社成员们一起布下魔法结界准备迎战伏地魔，当然麦格教授也没忘了施展那个能够让她快乐的咒语——石墩出动（piertotumlotor）！
哈利从幽灵格雷女士得知了拉文克劳冠冕的来龙去脉，想到自己在有求必应屋见过冠冕，于是立刻和赫敏一起出发去有求必应屋。
两人在有求必应屋找到了冠冕，但马尔福和他的两个跟班正好冲进来。在五人的激战中，高尔放出厉火，整个有求必应屋转眼间燃起熊熊大火，他自己也葬身火海。
哈利和赫敏骑上扫帚准备逃离，但他们看到马尔福和克拉布被困后就救了他们。唯一幸运的是，哈利亲眼看到冠冕被烈焰烧成了碎片。
食死徒的进攻也在同一时间开始了，一半的食死徒从正面进攻，另一半食死徒准备在这个防护罩消失后从后门廊桥冲进学校。无数的魔法砸向学校的防护结界却没有撼动分毫，伏地魔亲自出手，他用老魔杖轰碎了几十名魔法师打造的结界。
两边的食死徒一拥而上，但进攻后门的那一批运气不太好，纳威点燃爆破鬼才西莫·斐尼甘装在廊桥上的炸弹，将一半的食死徒在此埋葬。
当激烈的战斗在学校正门展开时，哈利察觉到伏地魔不知何时潜入了尖叫屋棚。为了消灭纳吉尼，他和赫敏裹着隐身斗篷前往偷袭，正巧遇到伏地魔在这里杀死斯内普。
原来是因为伏地魔使用老魔杖时不能得心应手，他以为斯内普杀死了邓布利多后成为了老魔杖的主人，就让纳吉尼杀死斯内普，让老魔杖为己所用。
等伏地魔离去后，哈利和赫敏来斯内普的身边，这位将自己的感情隐藏了几十年的痴情人在濒死前将自己的记忆交给哈利，注视着哈利的眼睛与世长辞。
来不及悲伤，他们还有战斗要面对，两人吻别对方后奔赴各自的战场。
赫敏是在看到纳吉尼后想起来拉环说过宝剑能砍翻魂器是因为沾到了蛇毒，她要带着金杯去密室找蛇牙摧毁魂器。
而哈利则去校长室去用冥想盆查看斯内普的记忆，他从斯内普的记忆里了解到了邓布利多的全部计划，斯内普和自己母亲的爱恨情仇，以及自己成为伏地魔魂器的真正原因。
原来斯内普为了给自己害死莉莉赎罪，主动为邓布利多充当间谍去算计伏地魔，还在哈利上学后保护自己所爱之人的子嗣。而邓布利多知道自己被魂器所伤只能活一年后，就立刻安排了自己的死亡以获得战胜伏地魔的可能。
另外，哈利还知道了自己遇到的守护神牝鹿就是斯内普召唤的。牝鹿原本是莉莉的守护神形状，斯内普因为内心的愧疚，他的守护神也逐渐变化成和莉莉一样的了。
斯内普始终爱着莉莉，至死不渝。
哈利明白了一切，这段刻骨铭心的感情和校长的选择坚定了他的信念，尽管心怀恐惧，但他仍旧选择走向禁林，他知道伏地魔在那里等着他的出现。