针对主要演员的动作和驾驶训练也是在柏林郊区进行。卡尔·厄本在学会了使用多种兵器，如.38特种转轮手枪、9mm伯莱塔手枪和.308步枪等等。罗修也在这里进行了培训，他必须在举手投足和举枪射击之间显现出老辣的风范，格林格拉斯找了一堆专业人士来指导，还很聪明地签了日薪合同并在第二天就打发他们回了老家。
“你帮剧组省了不少钱，”格林格拉斯夸奖罗修只用一天就完成了训练，那些教练结账走人的时候就像是发现自己被包工头骗了的农民工，“下次我们可以试试时薪，你争取在一个小时内学会。”
“请您做个人吧……”罗修没想到这个世界上居然还有比自己更不要脸的人，“别在拍第三部的时候没人愿意上门了。”
“那也是一年后的事情，他们早就忘记了。”格林格拉斯的玩笑一点都不好笑。
他现在正开着车带罗修和艾玛来到巴伯尔斯堡电影制片厂，这里曾是世界大战前全世界最大的电影制片厂，历史比好莱坞更悠久，弗里茨·朗的《大都会》和约瑟夫·冯·斯坦伯格的《蓝天使》都曾在此制作，剧组也将以这里为中心进行拍摄。
柏林作为《谍影重重2》的主要拍摄地，剧组跑遍了整个柏林及周围郊区，两场在罗修看起来最重要的戏份就是在这里完成。
第一场就是伯恩跟踪兰迪的精彩设计，没有窃听器也没有无人机和卫星，仅凭借一本2003年的黄页电话本和一个移动电话，伯恩就锁定了这位中央情报局高级主管的位置。这也是《谍影重重》系列电影的特点，伯恩所使用的工具都是真实存在，很多还是普通人都唾手可得，这让电影看起来更加真实，而且与其他的特工电影形成了鲜明的对比。
第二场重头戏则是两个特工之间的近身肉搏，再次担任动作指导的袁和平在武术动作里加入了李小龙的截拳道，让打斗变得更加凌厉。除此之外，他还为这场激烈的打戏增加了一个小道具——一本杂志卷起来被作为了武器，袁和平解释这是源于一种古老的菲律宾武术，任何伸手可及的日常用品都可以被变成杀人利器。罗修怀疑老爷子这是最近看了成龙电影，决定把伯恩也打造成一个宜家战神……
剧组在柏林广泛取景，就连片中莫斯科的街道也在原东德地区拍摄，其中伯恩在弗里德里希大桥上逃脱的场景就是在原东德地区的米特区完成。
格林格拉斯称这样能够最大限度节约成本，然后他又谈到剧本：“我很喜欢第二部的剧本，甚至比第一部还好，你对原着进行了一次成功的改编……实际上根本是就和原着没太大关系了。”
艾玛也很喜欢第二部，因为在她看来这一部才是整个系列的灵魂：“哈利还是从原着出发的，在第二本书里玛丽被人绑架，并成为勒索伯恩的筹码。伯恩曾警告中情局的特工，如果他们再接近他，他就不会放过他们，哈利就是从这两点切入编织出影片的故事。”
“我不得不改变原着的故事情节，只保留保人物、处境和故事的感觉，”罗修解释自己对原着进行大刀阔斧地改编的原因，“原着的背景是冷战时代，现在第二部的时间设定是2004年，世界已经经历了巨大的变迁，很多细节必需调整，而且还得抛弃很多的冷战思维。”
艾玛参与过剧本的创作，也很了解罗修的想法：“所以第二部不能拍成复仇电影，因为伯恩是个刺客，他并不清白，双手曾经沾满鲜血。第一部是伯恩逃避的过程，但第二部里他知道自己是个杀手，做了一些坏事，要为这些行为买单。因此虽然伯恩是出于复仇的目的开始了惊险之旅，但随着事态发展，他发现只有救赎才能让自己活下来。”
格林格拉斯记下了这些话，他将会用镜头语言把编剧想要表达的意思告诉观众，这就是导演的工作。
除了柏林，伯恩在西欧逗留的地点还包括巴黎、苏伊士和意大利，这是罗修在向勒德姆小说中的冷战背景致以小小的敬意。不过虽然出现在影片中的都是世界名城，但格林格拉斯有意避开世人皆知的地标式景观，而是将不显眼的一面呈现在观众眼前，由此让第一部的现实主义得以延续。
完成了欧洲的拍摄后，剧组又来到了印度果阿，这里位于印度西南部沿海，是风景宜人的旅游圣地。剧组将总部设在果阿北部的新凯林海滩，并在果阿首府帕纳吉展开拍摄，伯恩驾着吉普车穿行在狭窄的街道中躲避追踪的场景就是在这里。随后剧组又向南前往帕罗林海滩，去拍摄伯恩和玛丽在海边的藏身之处和伯恩接玛丽逃跑时的小餐馆。
在印度的拍摄比预计的时间要长，这是因为当地的拍摄条件并不理想，在拍摄外景时经常有不请自来的围观者，这其中还包括各种家畜，为延展景深造成了不便。最离谱的一次，一群牛冲破了隔离带，就连放牛人和警察都无法阻拦它们，剧组不得不停止拍摄，看着它们从桥上慢悠悠的走过。
当天晚上剧组吃了一顿牛肉大餐。